Ez nem csak egy újabb küldetés. Az Impossible Mission Force-ot leállítják, amikor felmerül a gyanú, hogy közük van egy globális terrorista összeesküvéshez. Beindul a Fantom Protokoll, és Ethan Huntnak és új csapatának be kell épülnie, hogy tisztára mossák a szervezet nevét.
Terrorakció elkövetésével és összeesküvéssel vádolják Ethan Hunt ügynököt és csapatát. Az elnök életbe lépteti a Fantom-protokolt, aminek következtében mindnyájan törvényen kívüliekké válnak. Hunt azonban nem adja fel olyan könnyen a dolgot. Tény és való, hogy senkiben sem bízhat. Ráadásul pénz és mindenféle támogatás nélkül kénytelen kitalálni, hogyan moshatná tisztára a maga és az ügynökség nevét. Versenyt fut az idővel, hogy tisztázza magukat, ugyanakkor meg kell állítania a terroristákat is, akik újabb merényletre készülnek.